离子色谱柱使用纯水进行冲洗是错误的。因为在一般情况下，如果直接使用纯水对离子色谱柱进行冲洗，很容易导致离子色谱柱中的固定相流失并且出现相塌陷现象，因此一般情况下并不建议直接使用纯水对离子色谱柱进行冲洗的。

通常我们在对离子色谱柱进行冲洗时，是建议在纯水中加入甲醇或乙腈等物质，再对离子色谱柱进行冲洗，这样的对离子色谱柱进行冲洗一般不会对离子色谱柱造成影响。而离子色谱柱之所以不能直接用纯水进行冲洗的原因分析有以下几点：

1.一般离子色谱柱的材质不允许长时间被纯水冲洗。由于现今大部分离子色谱柱以硅胶为基质，而硅胶的性质却是其溶解度在纯水中会比一般含有有机溶剂中要大得多，因而使用纯水对离子色谱柱进行冲洗，会让离子色谱柱中的硅胶材质产生溶解，长时间的纯水冲洗会导致离子色谱柱中的固定相流失，从而降低了离子色谱柱的柱效。

2.对一般C18柱来说，因为C18长链本身是溶解在水中的，而且C18长链之间的相互作用力是大于C18和水分子之间的作用力的，所以如果长时间的用纯水对离子色谱柱进行冲洗，会让C18长链之间相互靠近，并且使得相互联结的C18长链在硅胶质地的基质表面上倒伏，对疏水性物质的保留能力会因此下降，即相塌陷。

为了给只能溶解在纯水中的样品提供分析条件，有些企业推出适合做离子色谱柱冲洗的纯水柱，这种纯水柱不会产生相塌陷，因而可以对只溶解在纯水中的样品进行分析了。

3.如果离子色谱柱中使用过含缓冲盐的流动相时，用纯水冲洗并不能将缓冲盐洗去。这是因为缓冲盐本身是难溶于有机溶剂中的，C18反相柱中用到的填料是在硅胶表面上接上的C18长链，这相当于一个疏水的有机相，并且因为硅胶基体被有机物质包裹着，所以在操作时使用缓冲盐水溶液做流动相时缓冲盐可能不容易到达硅胶基质，不至损害基体。但是使用的流动相一般来说通常会有一些有机溶剂，而且这些有机溶剂和C18长链是互相溶解的，因此有机溶剂的加入增强了流动相渗入硅胶基质的能力，能让一部分的缓冲盐与硅胶基质接触。

所以直接用纯水冲洗离子色谱柱只能冲洗其表面的缓冲盐，但是渗入到离子色谱柱中深处的缓冲盐仍旧会残留在那里。所以建议在冲洗离子色谱柱的时候，在纯水中加入一部分有机溶剂，水和有机溶剂的比例视情况而定，这样含有有机溶剂的水便能对离子色谱柱进行冲洗了。